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金沙官网-8331手机版网址app大全一站牵头完成绿鳍马面鲀基因组精细图谱绘制

日期:2020-06-11 17:08    作者:    来源:生态室     打印    加大 减小

金沙官网-8331手机版网址app大全一站陈四清研究员团队牵头完成了绿鳍马面鲀首个基因组精细图谱的绘制工作,相关研究成果于5月10日在国际重要学术刊物Molecular Ecology Resources在线发表。

绿鳍马面鲀俗称“扒皮鱼”、“耗儿鱼”和“面包鱼”,分布于渤海、黄海和东海,肉质鲜美,营养丰富,是我国沿海优良的经济性鱼类,自然资源匮乏,近年来,随着规模化苗种繁育和养殖技术得到突破,养殖规模持续扩大。研究人员开展的绿鳍马面鲀全基因组测序和组装工作,可为遗传背景解析、种质资源保护和遗传育种提供支撑。

该研究工作结合纳米孔测序技术(Nanopore)和染色体构象捕获技术(Hi-C),组装获得474.31 Mb的基因组序列,共242个contig,contig N50为22.46 Mb,达到目前鱼类基因组contig N50的最高水平。通过Hi-C将99.44%的组装序列挂载到20个染色体上,预测获得22067个编码基因,67.35 Mb的重复序列。构建了基于1872个单拷贝基因的系统进化树,并鉴定出67个绿鳍马面鲀特有的基因家族。

绿鳍马面鲀基因组精细图谱的完成,为解析其生长、抗病等经济性状的分子机制,确定群体遗传结构奠定了重要基础。同时,高质量的精细图谱为基因组学研究领域提供有价值的数据资源,有助于比较基因学相关研究的开展。

金沙官网-8331手机版网址app大全一站边力、李凤辉和葛建龙为论文共同第一作者;金沙官网-8331手机版网址app大全一站陈四清、邵长伟和青岛市海洋科技成果推广中心林治术研究员为本论文的共同通讯作者。该研究获得了山东省重点研发计划等项目的支持。

全文链接:https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1755-0998.13183。

绿鳍马面鲀

绿鳍马面鲀与其他硬骨鱼类的系统进化树

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